Knihovny v období protireformace
V důsledku českého stavovského povstání a nezdaru třicetileté války nastalo dlouhé období stagnace v českých zemích. Nastalo období protireformace, kdy v popředí stál císař a katolická církev. Významné postavení měli jezuité. Objevila se řada protireformačních opatření, jejímž cílem bylo úplné vymícení kulturních tradic. Důležitým jevem byla cenzura, což mělo vliv na kvalitu literatury. Mimo jiné pro další vývoj mělo význam dílo Jana Amose Komenského.
Církevní knihovny
Pro knihovny kolejí Karlovy univerzity nastala nová etapa. Karlova univerzita byla odevzdána do správy jezuitského řádu roku 1622 a vznikla jezuitská klementinská knihovna. Na počátku 18. století byla tato knihovna rozdělena na dvě části: Bibliotheca major a Bibliotheca minor. Knihovnu spravovali prefekti. Jezuitská knihonva měla svůj katalog, jež se bohužel nedochoval. Obory obsažené ve fondu byly církevní a mimocírkevní dějiny, kazatelské práce a exegetika. Byla tu však také zakázaná díla. Speciální knihovní soubr byla tzv. Bibliotheca mathemaica obsahující astronomická a matematická díla. . Klementinská knihovna sice měla rozsáhlý a rozvíjející se fond. Mohli ho však využívat pouze učitelé jezuitských škol, jezuitští kazatelé a výjimeční žáci. Knihovna nebyla určena pro širší veřejnost. Roku 1638 vznikla nová karolínská knihovna z důvodu vzniku lékařské a právnické fakulty. Knihovně bylo přespěto darem rodové knihovny Šternberské, která zahranovala díla z filozofie, historie, lékařství, dějin vědy, literární historie a přírodních věd. Karolínské knihovně byly poskytnuty i jiné dary díky nimž se knihovna rozrůstala. Byla také zřízena veřejná knihovna v objektu Karolina z podnětu Františka hraběte Věžníka, který tímto reagoval na ambice Marie Terezie. Knihovna měla také čítárnu a skladiště knih.